Das Megali Panagia Kloster befindet sich zwei Kilometer westlich des Dorfes Koumaradei. Da das Kloster in einer Höhe von 225 Metern gebaut wurde, hat man von dort eine faszinierende Aussicht über das umliegende Gebiet. Das Kloster wurde 1586 von den Mönchen Neilos und Dionysios gegründet, die ihr klösterliches Gelübde auf dem Berg Latros in der Nähe der altertümlichen Stadt Miletus in Kleinasien abgelegt hatten.
Die Kirche des Klosters, „katholikon“ genannt, ist Marias Himmelfahrt gewidmet. Sie ist eine akkurate Nachbildung der typischen Kreuzbasiliken auf dem Berg Atos und besteht außerdem aus vier Kolonnaden, die die Kuppel stützen, einem Narthex, einem Esonarthex und einer Kapelle, die den heiligen Aposteln gewidmet ist. Im Inneren der Kirche existieren immer noch die alten Marmorfliesen mit einem Basrelief-Arrangement von Adam und Eva in Lebensgröße, mit dem Baum der Erkenntnis zwischen ihnen und der Schlange als Symbol des Bösen und der Täuschung. Die aus Holz geschnitzte und vergoldete Ikonostase, dessen Existenz bis 1740 zurückverfolgt werden kann, ist immer noch mit Ikonen aus dem 18. Jahrhundert bestückt. Der Epikopalthron ist auch aus Holz geschnitzt und vergoldet und besteht seit 1803. Die Kanzeln sind schöne Bespiele für dekorative Holzschnitzereien aus dem 18. Jahrhundert. Die Innenwände der Kirche werden von wertvollen Fresken geziert, die zwar durch verschiedene Einflüsse teilweise beschädigt wurden, aber für die Kirche immer noch von großer Bedeutung sind. Die Wandgemälde schließen ikonographische Bilderfolgen, Szenen der Akathistenhymne, die der heiligen Mutter gewidmet ist und Szenen aus dem Neuen Testament (so findet man z.B. in der Narthex der Kirche eine Abbildung des letzten Abendmahls) ein. In der Kapelle innerhalb der Kirche befinden sich Fresken mit Szenen aus dem Leben der Heiligen.
Das Megali Panagia Kloster war schon immer ein wichtiges religiöses Zentrum, in dem der Kirchengesang gelehrt und über Jahrhunderte hinweg weiterentwickelt wurde. Allerdings wurde das Kloster immer wieder von Piraten und anderen Eindringlingen überfallen und geplündert.
Das Megali Panagia Kloster feiert seine Schutzheilige am 23. August, einem Tag, an dem die Gläubiger aus ganz Samos zu Besuch kommen.
